第一，政治上不得人心，当时天下初定，人心思安，而当时吴三桂打着反清复明的旗号发动叛乱，正是吴三桂将前明势力赶尽杀绝的，百姓们都看在眼里，这时却又反清复明，但是称帝时放弃了明朝的年号，这不得不令人们感到费解并怀疑其动机，第二，军事上过于保守，当时吴三桂军占领松滋后，并没有对清军乘胜追击，而是与清军相持，错过极佳的战机，后来，吴三桂低估了康熙镇压叛乱的决心，企图裂土议和遭拒，这说明吴三桂的目标不明确，首鼠两端，缺乏战略眼光，第三，实力悬殊。毕竟吴三桂是以一隅敌全国，财力和物力不能和拥有天下的康熙相抗衡，一旦战争旷日持久的拖下去，后勤补给和人员补充都是问题，拖也会把吴三桂拖垮，第四，内部原因，虽然叛乱初期四处响应，闹得轰轰烈烈，实质上叛军内部各个心怀鬼胎。比如陕西提督王辅臣，原为吴三桂部下，叛乱初期他按兵不动，首鼠两端，最后落到个畏罪自尽的下场，形势对叛军不利后，靖南王和平南王纷纷投降，而且众叛军之间缺乏统一调度，所有康熙采取分化政策，对叛军各个击破，最后孤立吴三桂，综上所述，由于政治上的不得人心，军事上的目光短浅，再加上内部之间各怀鬼胎，各自为战，因此三藩之乱的失败是必然的事。
