1、选址。沼气池由于使用的材料特殊，是利用粪便等有机物质分解发酵而来，所以最好是与猪栏、厕所等连通，这样更方便，也不会破坏环境的协调性，可以让环境更优美、卫生。由于沼气的输送距离有限，不能超过30m，最好是靠近厨房设计，还有远离公路、铁路等，以免产生震动、损害。
2、产气压力。水压式沼气池对于内部沼气压强是很关键的，因为它的压强容易变化，会随产气、用气不同来变化。所以在设计时要做好气压水、水压气的相互交替变换，让整个池内的压力保持在一个稳定浮动的状态，正常工作气压要≤80cm水柱，最大气压≤120cm水柱。
3、产气率。沼气池一般是常温发酵来产气的，要参照试验测定的数据来设计，一般标准的产气率温度会有10-28℃的变化幅度，其发酵料液中含有6-10%的干物质时，一天内发酵料液的产气量就要达到1-3立方米，夏天温度高产气较多，冬季温度低产气较差。
4、贮气容积。水压式沼气池一般昼夜都是在产气的，所以水压间的有效容积设计就很关键了，在设计贮气容积时，要考虑到夜间照明不用气又一直在产气的情况，要能贮存至少12小时，也就是夜间产生的沼气。
5、投料量。沼气池内投料量要根据贮气方式来确定，像水压式的沼气池，就要将最大投料量设计为主池容积的90%左右，而浮罩贮气、气袋贮气这类的沼气池，最大投料量要设计为主池容积的95%。
