1947年5月23日，上海大、中学校学生为了声援南京“520惨案”举行罢课。当时在中华工商学院执教的马老毅然贴出一张声明：“本教授遵照上海市学联罢教一天。”接着又准备到南京演讲，揭露国民党发动内战，出卖民族利益等罪行。据说有人威胁说：“马寅初敢去演讲，就干掉他！”马老不顾个人安危，只身前往南京，临行给家属留下了遗嘱。
马寅初曾斩钉截铁地跟主席讲：“中国人口太多是因为农村晚上没有电！”。毛主席回答：“你马寅初生了七个子女，是不是你家晚上也没有电啊？” 马寅初满面通红，无言以对。
马老极喜欢爬山运动。他每到达一地，首先打听附近的地理山势，以便早晨爬山选择登山路线。他在四川时常常爬山，后来到了北京仍坚持爬山，无论寒暑，从不间断。
