转基因大豆与普通大豆的区别首先看形状，非转基因大豆的形状是椭圆形的，有点扁。而转基因大豆的形状是滚圆形的。
看颜色，转基因黄豆颜色一般都统一黄色，没有明显深浅变化，也没有黄绿自然渐变；由于非转基因黄豆有生豆到熟豆的过程中，颜色有青绿色到黄色自然变化，有个别黄豆没有完全成熟就被收割了，这些嫩黄豆就带点绿色和偏绿色。
看发芽缝，非转基因大豆有明显的发芽缝，俗称“肚脐眼”。转基因大豆也有发芽缝，但不明显。因为他的肚脐眼颜色跟豆身颜色基本一样。所以没有明显的异色肚脐眼。
看颗粒之间的大小，非转基因大豆颗粒与颗粒之间的大小都不怎么一样。而转基因大豆的大小都基本一样，像一个模子刻出来一样，没有明显大小区别。
看个头大小，非转基因黄豆一般比转基因黄豆个头大。
看虫蛀。由于转基因大豆转入了抗虫抗药的基因，所以转基因大豆通常形态整洁，几乎看不到任何虫蛀痕迹，而非转基因大豆若却很容易生虫。
