新农合基金产生的利息纳入新农合总基金，供参合患者报销使用。当年度新农合基金结余率超过百分之二十，县、市新农合办公室必须对当年度住院的参合患者根据设定的报销比例实施二次补偿。新农合基金累积结余率达到百分之二十五，县、市新农合办公室必须对当年度住院的参合患者根据设定的报销比例实施二次补偿。
