1、调节适宜环境。首先在白天温度较高时要加强通风，控制棚室温度稳定在30度，有利于降低棚室内的湿度，在下午温度下降时及时封闭棚室，以免夜间温度过低，不要因为昼夜温度拉大，从而导致棚室湿度较高。其次白天气温较高，蒸发量也比较大，植株对于水分的需求也比较多，所以需要适当的浇水，但是不可以一次浇水过多，否则会出现夜间植株吐水严重的现象，更会增加棚室内湿度，从而造成烂蔓发生。
2、摘除雄花。摘除雄花是为了防止细菌性病害、灰霉病导致烂蔓的一个重要方法，因为南瓜多采用药剂蘸瓜，所以大部分的雄花会自然腐败，外加雄花的数量较多，腐败的后雄花极易感染细菌性病害和灰霉病，而在感染后会快速的蔓延，造成烂蔓，所以需要及时摘除雄花。
3、防治病害。除了灰霉病造成烂蔓外，疫病和细菌性病害也极易造成南瓜烂蔓，在南瓜茎蔓感染疫病后，病部会凹陷，出现水浸状腐烂，病茎部缢缩、变细、变软，病部会产生白色的霉层。对于疫病可以选择克露、安泰生、安克锰锌等药剂进行防治。而在南瓜感染细菌性病害后，病部呈椭圆形至长梭形，为灰褐色，有时还会溢出琥珀色的树脂状胶质物。可以用加瑞农在发病初期全田用药防治，隔3-4天再喷洒一次，效果比较好。
