军校专业主要分为三类，分别为指挥类专业、非指挥类专业、合训分流专业，指挥类专业是为各军兵种培养军事指挥管理人才，非指挥类专业培养为部队、军校培养专业技术人才，合训分流是培养懂技术、会管理、能指挥的复合型初级指挥军官。
一、指挥类专业
指挥类专业有明确的培养目标，主要是为各军兵种培养军事指挥管理人才。
二、非指挥类专业
专业技术院校以及综合院校的非指挥类专业，担负着为部队、军队科研单位、军校培养专业技术人才的任务。其毕业学员主要到部队的各个专业技术岗位任职。
三、“合训分流”专业
“合训分流”的全称是“学历教育合训、专业训练分流”。这是1999年全军院校编制体制调整后开始的新的初级指挥专业人才培养模式。“合训分流”的培养目标是：培养懂技术、会管理、能指挥的复合型初级指挥军官。
