1、两者在含义上不同：全额拨款事业单位也为全供事业单位，也就是全额预算管理的事业单位，是其所需的事业经费全部由国家预算拨款的一种管理形式。
差额拨款事业单位，按差额比例，财政承担部分，由财政列入预算；单位承担部分，由单位在税前列支，如医院等。
2、两者在稳定性上不同：对于全额事业单位而言，是相对稳定，是基于跟着国家进行调控，存在着一定的稳定性；而差额事业单位存在的变动可能性非常大，存在很大不确定的因素，因此也影响着工作的稳定性。
3、两者包括的范围不同：差额事业单位包括医院等有收入的又承担政府社会职能的单位；自收自支管理的事业单位，主要是一些原来国有企业的行业主管局。
全额拨款的事业单位主要有图书馆、文化馆、各级公办学校、党校、档案局、文化中心、农业局下属的森防管理事业单位、动物疫病控制中心、城建局下城市维护管理的如园林处等内容。
