网剧《萌学园6》讲述的是萌骑士打败黑魔王和净化阴森女王后发生的故事，萌学园再次发生迷案，萌骑士和卜快老师矛盾加剧。
萌学园再次迎来新生，有消息称，已经第39次担任代理校长的帕滑落地训导主任很有可能取代四处演讲的罗博高校长，没想到帕滑落地主任的事情还没解决，学校又出现了奇怪的事情。
开学第一天，无人使用的电话亭突然传出很大的铃声，紧接着满身是伤的长老会密使老兵大军跌出电话亭昏迷不醒，只来得及说了一句“复活石”。
然而等大军醒过来却失忆了，前段时间发生了什么一点印象都没有，更不要说复活石是什么了，就连自己怎么回到萌学园都不知道了，大家心里忐忑不安。
经过调查，萌骑士只知道复活石和诅咒石和复活黑暗大帝有关，其他的事情尚不清楚。而且萌学园还突然发生了师生失控事件，大家都在积极寻找复活石，卜快老师和学生之间的矛盾越来越大。
而且这次失控事件竟然和卜快老师有关系，卜快老师偷偷将一个音乐盒放在保健室大军的床底下，音乐盒设定的时间和同学失控的时间刚好一致。暗黑武士和黑衣人频频攻击萌学园，暗黑大帝复活危机迫在眉睫。
