故事描述在美丽的澳洲大堡礁海域中,活泼好动的小丑鱼尼莫,不幸被专门收藏观赏用鱼的潜水人士捉到,被卖入悉尼一间牙科诊所中,成为鱼缸中众多观赏鱼的一分子。尼莫开始必须面对一群陌生又怪异的新朋友,还得担心如何能与父亲老爸团聚;
而另一方面,心急如焚的老爸决心要远度重洋试图找到尼莫,沿路上还遇见了热心助人,但只有短暂记忆的帝王鱼多莉。他们不畏艰险踏上了营救尼莫的惊险旅程;
最终,老爸顺利的营救了尼莫。