百户和总旗的区别有官职大小不同、设立机构不同、管理人员数量不同等。
1、官职大小不同。百户大，总旗小，百户为正六品官职，总旗为正七品官职。
2、设立机构不同：百户之下，设牌子头，有时设“五十户”之职；明代军队编制五十人为总旗，十人为小旗。
3、管理人员数量不同：百户统兵120人，旗各50人，10人为小旗。
百户：官名，金初设置，为世袭军职。元代相沿，设百户为百夫之长，隶属于千户，而千户又隶属于万户，为世袭军职，受万户管辖。驻守各地者，设百户所，分隶于各千户所。百户所有两等，上所设蒙、汉百户各1员，俱作从六品银牌。下所设百户1员，从七品银牌。
明代卫所兵制亦设百户所，为世袭军职，百户统兵120人，正六品。试百户为（从六品）。百户所分为2总旗，总旗（正七品）、旗各50人；10小旗，小旗（从七品），旗各10人，隶属千户所。百户为百户所的长官。如明黄道周《节寰袁公传》：公（袁可立）先凤阳人，始祖荣以开国功为睢阳百户，因家焉。
