1、口袋妖怪始源蓝宝石是之前普通蓝宝石的复刻版本，也可以说是重制版。
2、始源蓝宝石相较于蓝宝石，在游戏画面还有内容上很大提升。在游戏剧情上口袋妖怪始源蓝宝石的剧情设定基本基于原始的口袋妖怪蓝宝石。
3、口袋妖怪始源蓝宝石中引入了新的支线任务变幻篇章。变幻篇章的故事和丰缘地方3000年的历史有关，并会逐渐揭开超进化的谜题。背负着宿命的女性曼珠，水舰队以及大吾，道馆训练家米可利等人展开波澜壮阔的故事。其中还会发生传说中精灵裂空座与代欧奇希斯的激战。
