苹果醋发酵不可以用酵母菌。原因是酵母菌有氧呼吸产生二氧化碳和水，无氧呼吸产生酒精和二氧化碳，不能产生果醋。
制备果醋所用的微生物是醋酸菌，在有氧条件下，发酵产生醋酸；而酵母菌是制备果酒所用的微生物，在无氧条件下，发酵产生酒精。
果醋制作菌种是醋酸菌，属于原核细胞，适宜温度为30到35度，需要持续通入氧气。果酒使用的菌种为酵母菌，属于真菌，条件适宜温度为18到25度，无氧。
