马皇后的儿子有明燕王朱棣、周定王朱橚、懿文太子朱标、秦愍王朱樉、晋恭王朱棡。
《明史》记载,马皇后前后生五子二女,其女儿有宁国公主和安庆公主。
不过明末清初史学家潘柽章在《国史考异》中说:按照明朝皇族族谱,太祖的第四个儿子明成祖朱棣,第五个儿子周定王,是孝慈高皇后所生的。”明代藏书家郎瑛在《七修类稿》中称:“孝慈高皇后生有两个儿子,在鲁府玉牒里有记载。明朝的汪宗元所撰写的《南京太常寺志》中说:“孝陵神位,左一位淑妃李氏,生懿文太子、秦愍王、晋恭王。右一位碽妃,生成祖文皇帝(朱棣),孙贵妃生周定王(朱橚)。”清代诗人朱彝尊《静志居诗话》卷十三沈元华条:“在南京太庙奉先殿孝慈高皇后牌位的南面,诸位嫔妃灵牌在东列,西面唯独只有碽妃一人的灵牌。孝慈高皇后从没有怀孕,懿文太子并不是她生的。”