《卧底归来》结局是宝玉准备去泰国抓捕金飞，糖果生无可恋，为了帮坏事做尽的父亲赎罪，她决定跟随宝玉去泰国，尽力协助宝玉办案，最终宝玉成功抓获金飞。
宝玉准备去泰国抓捕金飞，糖果生无可恋，为了帮坏事做尽的父亲赎罪，她决定跟随宝玉去泰国，尽力协助宝玉办案。宝玉担心自己有去无回，临行之前送了一支家传的手镯给关晓智，以示对关晓智的重视。晓智虽然舍不得与宝玉分开，但在国家大义面前，只能忍痛牺牲与宝玉的爱情。
宝玉收拾行李准备出发，上车之前，宝玉深情地向关晓智告别，关晓智眼含泪水，努力控制心中对宝玉的不舍之意。宝玉拖着行李箱来到车尾，打开了后备箱。阿古藏在后备箱里面，对着宝玉开了一枪，宝玉手臂中枪，倒地之时掏出手枪击毙了阿古。
数日过后，宝玉带伤坐车出境，金飞已经逃到境外，带着程宁宁过上了逍遥快活的日子。表面看，警方暂时奈何不了金飞，其实警方已经撒开了一张无形的大网，正在向金飞和莫欣悄悄收拢。双方较量一触即发，宝玉成功抓获金飞。而糖果没有和宝玉在一起。
