消毒时建议采用鱼、草和器材分开消毒的方式。切忌不可与井水或地下水等含有二价铁的水混合使用。
对金鱼的消毒方法为：以十万分之一至五千分之一的浓度药浴10至15分钟，可以消除大多数病菌；也可以使用百万分之十五或百万分之二十的浓度浸泡2个小时。期间要确保氧气充足，最好有气泵供气。药浴期间发现鱼只有不良反应时应该马上换水或移入其他容器中，并充分供氧。
对鱼缸、草、沙子、石头和其他器材的消毒方法为：浸泡、擦洗30分钟。
