我国新型举国体制是科技创新领域，本质上，举国体制是一项组织体系的制度安排，属于政治体制，而且是社会主义制度的独特优势所在。而市场经济、计划经济，则是对经济生产各种资源要素的优化配置方式，属于机制模式。两者一为体制，一为机制，并不存在直接对应关系，更不能简单画等号，认为举国体制就是计划经济。这是把体制和机制混淆了，错误地认为两者之间存在等同关系。
举国体制有其审慎性，举国体制涉及到政策如何由上而下贯彻、落实，既不能打折扣，又要因地制宜，这就有工作方法的问题。中国共产党最讲究工作方法，注重调查研究、实事求是，强调先试点，取得经验后再由点到面，波浪式推广。
举国体制涉及到由谁来组织、领导以及发展的方向、目的等带有根本性的问题。将中国由农业文明转变为工业文明，将全中国组织、动员起来的领导者是中国共产党。
