蓝藻植物体有单细胞的、群体的和丝状体的， 是原核生物，没有染色质，但存在环状DNA即质粒。蓝藻和具原核的细菌等一起，单立为原核生物界。所有的蓝藻都含有一种特殊蓝藻的蓝色色素，蓝藻就是因此得名。但是蓝藻也不全是蓝色的，不同的蓝藻含有不同的色素，有的含叶绿素，有的含有蓝藻叶黄素，有的含有胡萝卜素，有的含有蓝藻藻蓝素，也有的含有蓝藻藻红素。红海就是由于水中含有大量藻红素的蓝藻，使海水呈现出红色。蓝藻是单细胞原核生物，又叫蓝细菌、蓝绿菌、蓝藻或蓝绿藻，或称为蓝菌门。虽然传统上归于藻类，但有研究发现因为没有核膜等等，与细菌非常接近，因此现时已被归入细菌域。蓝藻并不是绿藻。蓝藻是一类藻类的统称，其标志便是单细胞、没有以核膜为界限的细胞核。常见的蓝藻有蓝球藻、念珠藻、颤藻、发菜等。蓝藻都为单细胞生物，以细胞群形式出现时才容易看见，也就是我们通常见到的水华。
