公司没有员工需要进行增值税零申报。零申报的增值税在国税交纳，个税在地税缴纳。如果公司没有需要缴纳个税的就是个税零申报。所以在公司出现缴纳个税的情况下，且开通了网上申报，在个税申报期打开地税申报网，在上面申报个税，税费是直接从公司的账上扣除的，如果账上余额不足，那么就应该带上营业执照副本复印件加盖公章的去地税局填写个税申报表并加盖公章进行申报，用银行卡缴纳税费。
