二者在许多方面存在区别：
1、两者的审计目标不同，政府审计是对单位的财政收支或者财务收支的真实，合法和效益依法进行的审计，注册会计师审计是注册会计师对财务报表是否按照适用会计准则和相关会计制度编制进行的审计。
2、两者的审计标准不同，政府审计是审计机关依据中华人民共和国审计法和国家审计准则等进行的审计，注册会计师审计是注册会计师依据中华人民共和国注册会计师法和中国注册会计师审计准则进行的审计。
3、两者的经费或收入来源不同，政府审计履行职责所必需的经费，应当列入财务预算，由本级人民政府予以保证，注册会计师的审计收入来源于审计客户，由注册会计师和审计客户协商确定。
