长期大量的使用共轭亚油酸会造成很多不良的反应，例如：头晕目眩，恶心干呕，身体瘙痒，四肢肿胀，消化不良，烧心腹泻等这些都是共轭亚油酸对身体的伤害。
共轭亚油酸除了有这些短暂的常见副作用之外，通过保健品摄入过量也会造成严重健康后果，例如有些形式的共轭亚油酸会使身体抵抗胰岛素，这样就会造成血糖水平的升高，导致严重的多糖症，所以在了解了共轭亚油酸的危害成分后，就应该限制这类保健品的摄入量，避免给身体健康带来严重的危害，保证身体的安全用药。
