两套商业房产税率没有区别。
根据《中华人民共和国房产税暂行条例》中内容的相关规定，商业房产产权人需要在每年4月份前向房屋所在地地税部门申报缴纳房产税，其房产税按房子租金的12%缴纳。企业的话一般是按原值70%来计算房产税。
除以上外还需要了解的是，房产税自1986年10月1日开始征收。对商业和写字楼以房产原值减除30%后的余值为税基，1.2%的税率，对住宅类免征。商住两用本质上是商业，所以有征税依据。税收具有如下特点：
1、房产税属于财产税中的个别财产税，其征税对象只是房屋；
2、征收范围限于城镇的经营性房屋；
3、区别房屋的经营使用方式规定征税办法，对于自用的按房产计税余值征收，对于出租房屋按租金收入征税。注意房屋出典不同于出租，出典人收取的典价也不同于租金。因此，不应将其确定为出租行为从租计征，而应按房产余值计算缴纳。
