叶绿素a的色素带最宽，原因是叶绿素a的含量最多。
事实上色素在纸带上的宽窄主要取决于色素分子本身的结构，以及色素分子随层析液扩散时与固定相之间的亲和力。叶绿素分子在第Ⅳ环上有叶绿醇链，是叶绿素分子的亲脂部分，使叶绿素分子只有亲脂性，能溶解在层析液中。它的金属卟啉环中，镁偏向于带正电荷，而氮则带负电荷，显极性，因而具有亲水性，易于滤纸上吸附的水结合。且叶绿素a的分子量大，分子间的相互作用力也大，这样在固定相中移动的速度就慢，色素重叠，使之集中分布在较窄的范围内。而叶黄素分子是非极性的化合物，易进入有机溶剂中，在流动相中色素分布较多，分子含量相对较少，分子间相互作用力也小，移动速度较快。另外它的两个紫罗兰酮环上各有一个氢氧键具有一定的极性，随层析液扩散的同时，又与滤纸上的水分有一定的亲和力。因此，分布在较宽的范围内。
