脱脂牛奶较全脂牛奶营养价值略有下降，主要是脂溶性维生素营养的流失，但营养仍较为丰富。
牛奶中多数维生素都是脂溶性的，牛奶在脱脂的过程中，去除脂肪的同时，脂溶性维生素也会被除去。主要是维生素A和维生素D，而这两种维生素被去除之后，对钙质的吸收也会有影响。其实，人们对全脂牛奶误解也很深，与动物内脏、奶油制品等脂肪含量超过百分之二十的食物比起来，全脂牛奶的脂肪含量不足为奇，只含有百分之三点七至百分之五左右，除非是患有糖尿病、高血脂等特殊人群，否则不用特别在意。
