为消除干瘪种子对发芽率的影响，可将拣出的种子放入清水中，浸泡1至2个小时后，去掉浮在水面上的杂物和干瘪种子，取水中下沉的饱满种子用以播种。
牡丹种皮的透水和透气性是影响种子萌发的重要因素，播种前可用50摄氏度温水浸种24至48小时，或用浓度百分之95的酒精浸泡30分钟，或用浓硫酸浸泡2至3分钟，均可软化种皮，促进萌发。浸种后必须用清水冲洗干净。
牡丹播种时间一般在8月下旬至9月上旬之间进行，过早或过迟都会影响种子的萌发率。牡丹播种后一般35至40天开始生根，到来年春分前后开始
