1、草甘膦使用不当，会对果树产生直接药害。当草甘膦不慎飘落在果树上时，绿色部位主要是叶片)药液集中处会变黄，变红，最后变褐枯萎死亡。
2、土壤残存部分草甘膦，会对果树产生间接药害。作为内吸传导型除草剂，部分残留在土壤中未钝化的草甘膦可以经由根系吸收传导至整株，影响植株的正常生理功能。
3、草甘膦还会影响根系对养分的吸收和传导。草甘膦易与土壤中的铁、锌等金属离子结合，铁，所以长期使用草甘膦有可能造成土壤中铁、锌等元素缺乏，造成果树缺素。同时，草甘膦浓度偏高时本身也会对果树的根系产生胁迫。
