1、计时引爆摩天楼：新一收到了来自世界知名建筑家，森谷教授于其宅邸举行的晚会的请帖。柯南、小兰和小五郎应邀出席，此即为事件的开端。此后发生了作为特殊火药的塑胶炸弹大量失窃的案件，那个自称凶手的男子打来预告电话，与柯南展开博弈，犯人再次向那里打电话。随后，凶手连续发来炸弹预告。城市陷入了恐慌。
2、迷宫的十字路：春天，樱花的季节。东京、大阪、京都的5名男子遭到杀害。5人是屡次盗窃佛像、美术品的“盗贼团源氏萤”的成员，相互以义经和他的随从的名字称呼。警视厅的目暮警部一行人、大阪府警大泷警部、京都府警绫小路警部开始联合调查。与此同时，小五郎接到某个寺院的委托，与柯南等人一同到达了京都。东、西名侦探柯南、平次，齐心协力化解挑战。
