1、起源不同。天台宗：天台宗缘起龙树菩萨，为北齐慧文所创，慧思、智顗、灌顶、智威、慧威、玄朗、湛然，九祖相承。
禅宗：禅宗缘起佛陀拈花一笑，为佛陀亲传，传至28祖菩提达摩，入中国传法，为中国初祖，下传慧可、僧璨、道信，至五祖弘忍下分为南宗惠能，北宗神秀，时称南能北秀。北宗神秀是以坐禅观定法为依归，渐进禅法，渐修菩提。所以称之为渐悟。南宗慧能大师是以即心即佛，直指人心，见性成佛为依归，不拘泥坐禅、观定与否即成佛道，所以称之为顿悟。
2、思想不同。天台宗：实相和止观，以实相阐明理论，用止观指导实修。实相渊源于南岳慧思。他建立十如（即如是相、如是性、如是体、如是力、如是作、如是因、如是缘、如是果、如是报、如是本末究竟）的诸法实相说。
禅宗：禅宗思想体系的内涵、结构、核心来看禅宗的基调是以心性论为基点，通过心性修持获得心性升华的心性学说，是一种摆脱烦恼、追求生命自觉和精神境界的文化理想。贯穿于禅宗心性学说、文化思想的本质内容是：自然，内在，超越。
3、宗教经典不同。天台宗：以《妙法莲华经》为宗旨，《大智度论》作指南，《大般涅槃经》为扶疏，《大般若经》为观法。智顗的天台三大部，是该宗的根本典籍。
禅宗：《六祖坛经》《五灯会元》等是禅宗的佛经。其中值得介绍的是 《百丈清规》，是禅宗独有的律。唐代高僧怀海禅师认为《瑜伽菩萨戒》和《璎珞菩萨戒本》虽属大乘，却是佛陀根据印度情况而制定的戒律，不宜生搬硬套。
