1、体长区别。鲤鱼体稍大，一般体长30-40厘米，左右两侧扁，腹部圆，背部在背鳍前稍隆起，口呈马蹄形，有吻须和颌须各1对，后者比前者长一倍，鳃把短，有咽头齿。而鲫鱼一般体长15-20厘米，体侧扁，背部隆起，高而宽，腹部圆，头短而小，吻圆钝，没有吻须和颌须，鳃耙细密，有咽头齿，鳞片大，有十分明显的侧线。
2、鱼鳍区别。鲤鱼的鳞片大而圆，有胸鳍、腹鳍各一对，背鳍、臂鳍各1个，尾鳍叉形，背鳍、臂鳍均有硬刺，最后一刺的后缘有铅齿。同鲤鱼一样，鲫鱼也有一对胸鳍和一对腹鳍，一个背鳍和一个臂鳍，尾鳍叉形，背鳍和臂鳍也有硬刺，最后一刺的后缘有锯齿。
3、体色区别。鲤鱼体背面为灰黑色，侧线下方近青黄色（有的是黑色），腹面为白色，背鳍微黑。而鲫鱼的背面是青褐色，腹面为银灰色，各鳍条均为灰白色，但因生长的水域不同，其体色也有差异。
