一、叶片区别
柳穿鱼的叶片多数互生，少数下部的轮生，上部的互生，呈条形，长约2-6厘米，宽约2-4毫米。而金鱼草的叶片下部的对生，上部的互生，呈披针形后至矩圆状披针形，大小类似前者，边缘全缘。
二、茎的区别
柳穿鱼的茎无毛，较直立，通常在上部分枝。而金鱼草的茎基部无毛，中上部都有腺毛，基部有时会分枝。
三、花的区别
柳穿鱼为总状花序，苞片为条形后至狭披针形，花萼裂片为披针形，花冠颜色为黄色。而金鱼草的花萼有5深裂，裂片为卵形，花冠的颜色多样，从红色或者紫色变至白色。
