一般没有什么危害，微波是一种电磁波，跟收音机和电报所用的电波、红外线、以及可见光本质上是一样的，差别只在于频率的不同。主要是控制加热温度。加热温度过高，比如温度超过120度，食物容易产生致癌物质；一般加热温度在100度以下，是不会产生有害物质的。只要合理控制加热温度，相对于其他加热方式，微波加热还是比较安全的。
因为微波是一种辐射，有一种错误的观点认为它会致癌。事实上，微波是一种电磁波，跟收音机和电报所用的电波、红外线、以及可见光本质上是同样的东西。它们的差别只在于频率的不同。微波的频率高于电波，低于红外线和可见光。处于这一频率波段的电磁波是不会致癌的。
微波炉如用于加热，一般不需要达到100度以上；对于粥、汤、牛奶、米饭、面条之类高水分食品而言，只要水分没有被蒸干，食物温度会始终维持在100度，不会出现产生致癌物的情况。因此正常使用的微波炉不会让食物产生致癌物质。甚至根据相关研究，微波炉与传统加热方式，尤其是烧、烤、炸等方式相比，还可以有效降低上述致癌物的产生。
