上海补充公积金可以税前扣除，但是需要按规定办理不能超出规定。个人不超过7%，单位不小于1%。由于补充公积金账号和基本公积金账号存在关联，计算机在扣款时就会根据关联规则自动从对应的补充公积金账户内进行扣款。
