第一部和第二部是有联系的，即除嘉儿和阿武外其他第一部中的主角在二部中都是配角。而三、四、五三部之间都是独立的，它们的主要人物以及故事情节之间没有联系和交叉，与前两部也无任何关系。至于第六部出现前作中的主角，则是编剧和制作人员为完结动画数码宝贝系列而作的回顾和总结，目的就是希望观众能记住数码宝贝各部动画。前作中的角色来自于不同时间。第二部中结尾那几个人都长大了，和后面的几部成长无关。而且当时第二部的结尾也有争议，很多观众觉得不是很好，估计编剧当时也没考虑那么多。
