上海第二军医大学是实行提前批单独录取的军事院校。要根据各省市教育考试院高等学校招生办公室公布的招生计划，了解该校的招生专业，数量及男女生比例，在提前单独录取表中第一志愿填报该校及报考专业。招生流程如下。
1、政审，政审由各省军区责组织实施。考生所在地武装部会同当地招生部门，考生所在中学和户口所在地派出所，调查了解考生在校表现和家庭情况，作出政审结论。
2、 面试，参加政审的考生同时取得参加面试资格。省高招办负责通知考生按时到指定地点参加面试。面试工作由省军区组织，省高招办配合，该校招生人员参加，与政审同步进行。
3、 体检，面试合格考生方可参加体检。体检由省军区组织，实行主检医生负责制，招生人员参加。
4、远程网上录取。考生的政审，面试和体检结论均放入考生档案，作为录取依据。根据第一志愿生源情况确定投档比例。根据考生的成绩和志愿，按专业从高分到低分录取。
