主要区别如下：
1、头。胖头鱼头大，相当于体长的三分之一，上颌稍向前突；花鲢鱼头小，相当于体长的四分之一，下颌稍向前突。
2、体色。胖头鱼体背面为暗褐色，有黑色细斑，腹部为灰白色，各鳍均为淡灰色，花鲢鱼体背面为灰色，腹部为银白色，各鳍均为灰白色。
3、胸鳍。胖头鱼的胸鳍较大，超过腹鳍基部很多；花鲢鱼的胸鳍较小，胸鳍尖端仅达腹鳍基部。
4、腹棱。胖头鱼的腹棱是从腹鳍至肛门，腹棱较短；花鲢鱼的腹棱是从胸部至肛门，腹棱较长。
