可以但时间不可以太长。原因如下：
1、微波炉的杀菌能力主要来自于热力效应和生物效应。热力效应能使细菌的细胞蛋白质受热变性凝固，导致细菌死亡。如果用微波炉加热牛奶时间过长，会使牛奶中的蛋白质受高温作用，由溶胶状态变成凝胶状态，导致沉积物出现，影响乳品质量。
2、牛奶加热的时间越长、温度越高，营养的流失就越严重。
