微波炉主要是通过微波来加热食物的。而通过实验表明，微波会影响蛋白质的结构，会把食物中的左旋脯氨酸（L-proline）转成右旋脯氨酸（R-proline），而后者已证实是神经系统、肝脏、肾脏的毒素。因此，长期使用微波炉加热的食物，可能会对身体有所影响。
此外，另一项瑞典的研究，利用对照方法，把一些不含脂肪、胆固醇的蔬菜用微波炉加热，发现测试者进食后，血液中的高密度血脂蛋白（HDL，俗称“好胆固醇”）下降，低密度血脂蛋白（LDL）及超低密度血脂蛋白（VLDL，俗称“坏胆固醇”）上升，而用传统方法煮熟的食物，却没有此现象。当然不是说使用微波炉就一定会有以上情况，只是在生活中可能多吃新鲜食物，以补充身体每天的能量消耗。
