关总署的署长是省部级的，一般每个省都有一个直属海关，一般都是以省会城市命名，比如石家庄海关、成都海关等等，当然还有一些副省级城市也会设立直属海关，比如青岛海关、深圳海关，这个级别的海关关长都是厅局级的，直属海关下面有隶属海关，比如青岛海关下面的黄岛海关，这个级别的海关关长都是县处级的。
海关跟地方行政区划的省市没有联系的，因为海关是实行自上而下垂直领导体制第一层次是海关总署，国务院直属机关正部级第二层次是广东分署，天津、上海2个特派员办事处，41个直属海关和2所海关学校(上海海关学院和秦皇岛海关学校)；第三层次是各直属海关下辖的562个隶属海关机构。例如厦门海关是第二级的直属海关，关区范围涵盖福建省厦门市、泉州市、漳州市、龙岩市。直属海关是正厅级建制，隶属海关是正处级建制。
