雌龟腹甲平直，尾较粗短，躯干部短而厚，身体无臭味；雄龟腹甲稍凹，尾较细长，躯干部长而薄，臭味浓。更为可靠和准确的鉴别方法是：在金钱龟的繁殖季节，抓住成龟，当龟的四肢和头尾皆欲缩入壳内时，用手指使劲挤住它的头及四肢，不让它有时间呼吸，此时龟泄殖孔内即排出副膀胱水，然后生殖器慢慢地外突，若只向外突出纵列的皱纹内壁者为雌龟，如有一充血膨大呈褐紫色的交接器外突者则为雄龟，如果在交配季节，雄龟还会有乳白色的精液排出。
