根为肉质根，主根粗大，须根多，茎干直、少分枝，成年的植株茎中空，顶芽生长正常时，侧芽受抑制，主干受伤，可促生侧枝；花、株均分雄、雌和两性，果实形状有圆形、椭圆形、球形、梨形等，种子近圆形，黄褐色或黑色；番木瓜生长适温为25至32摄氏度，气温下降到10摄氏度时生长受抑制，5摄氏度以下幼嫩器官受害，0摄氏度时植株会死亡，温度超过35摄氏度会引起大量落花落果；番木瓜需水量大，但忌积水，对土壤适应性广，但要求土质疏松、透气性好，地下水位低。
