黄色的柠檬与绿色柠檬是两个不同的品种，黄柠檬的表皮纹理较粗糙，肉色淡黄，有一股浓郁的清香;青柠檬外皮颜色碧绿，表皮光滑，果肉通透，有清淡的柠檬香，绿色柠檬中的柠檬酸和维生素C含量稍高些，因而其口感更酸。另外，青柠檬的皮较薄，常用来制作酸味浓郁的果汁饮料。
柠檬分有核和无核两种。因为柠檬的果核有涩味，泡果茶和制作干柠檬片应尽量选择无核品种。根据皮的厚薄，柠檬也分厚皮和薄皮两大类。柠檬皮有涩味，但柠檬的清香也在皮里，皮里的养生保健成分也不少。如果难以忍受涩味，可以选择皮薄的品种。挑选柠檬的时候，要注意观察果皮表面，形状正常、表面光滑、色泽均匀的才是优质柠檬；那种带有斑点、疮痂、畸形的果体，很可能受过病虫害或是外伤，不宜选购。
