1、淡水生态系统和生物净化。起主导作用的是细菌，但许多水生植物和沼生植物也有较强的净化作用。
2、海洋生态系统的生物净化，也是细菌起主要作用。此外还有霉菌、酵母、放线菌和原生动物等。它们对主要的海洋污染物石油烃类，以及多环芳烃类，都有较好的净化作用。
生物将废水中的有机物质转化为较稳定的或者矿质形态物质的过程。例如，凤眼莲可吸收水中的汞、镉、砷等，其根系微生物可降解、转化废水中的有机物，使废水得到净化。在氧气充足的条件下，好氧微生物能把废水中的有机物分解成二氧化碳、水、氨氮等，使废水得到净化；在缺氧的条件下，厌氧微生物能把有机物分解成甲烷、二氧化碳、硫化氢等。
