酸奶菌需要在室温下发酵，但发酵成品后短时间内又容易坏，所以在发酵完毕后应立即冷藏，冷藏后最好2天内喝完，最多3天内喝完；因为做酸奶的容器一般密封性能不佳，并且冰箱里食物较多，容易交叉细菌，所以自制的酸奶一般是达不到和商店卖的酸奶同样的保质期，商店卖的酸奶有一个星期的保质期，久的甚至可以达到2个星期，而自己制作的酸奶保质期一般3天左右，应尽快喝完。
