面对乾隆末年危机四伏的政局，嘉庆帝打出咸与维新的旗号，整饬内政，整肃纲纪。诛杀权臣和珅，罢黜、囚禁和珅亲信死党。诏求直言，广开言路，祛邪扶正，褒奖起复乾隆朝以言获罪的官员。诏罢贡献，黜奢崇俭。要求地方官员对民隐民情纤悉无隐，据实陈报，力戒欺隐、粉饰、怠惰之风。但其对内政的有限整顿，未能从根本上扭转清朝政局的颓败。
国内阶级矛盾尖锐，农民起义如火如荼。嘉庆帝即位后，倾尽全力，大举围剿镇压川、楚、陕农民大起义。更易统兵大员，严惩镇压不力的将吏。严密军事部署，实行剿抚兼施的两手政策，分化瓦解起义军。实行寨堡团练的坚壁清野政策，割断了起义军与人民的联系。嘉庆十年，川、楚、陕农民起义被镇压，清统治力量也受到严重削弱。嘉庆十五年，镇压了爆发于东南海疆的蔡牵起义军。嘉庆十八年，北方爆发天理教起义，部分天理教徒，在太监接应下冲进皇宫，酿成汉唐、宋明未有之事。颙琰下诏罪已，同时严令对冲进皇宫的起义军血腥屠戮，无一幸免，并捕杀在城外的头目林清等。天理教起义被镇压。
