年羹尧多次参与平定少数民族武装叛乱。平定西藏叛乱，1723年青海叛乱，他官拜抚远大将军，领兵征剿，一个冬天迫使叛军10万人投降，罗卜藏丹津逃往柴达木。著有年将军兵法和治平胜算全书。以下为具体例子。
1、年羹尧征伐青海时，一日升账后忽然传令说：“明天出兵，每人各带木板一块、草一捆。”军中上下不明白原因。等到第二天，最到淤泥深坑，让军士把草束起来扔进坑里，上面铺上木板，军队行进没有阴碍。
2、征伐西藏时，一天晚上漏三下时，忽然听到强劲的西风刮来，片刻之后就停下来。淤泥深坑匆忙唤来参将，带300快马出营，往西南方向的密林中搜索贼兵，果然尽数抓获。有人问原因，年羹尧说：“只一下就停下来，肯定不是风，是飞鸟受惊振动翅膀的声音。半夜鸟飞出，肯定有人惊扰它。这里往西南十里的地方，有茂密的树林，栖息的飞鸟肯定很多，我判断肯定是贼兵来埋伏，所以惊起鸟群来。"
