六偏磷酸钠对人体有害，食品级的六偏磷酸钠中会有微量的重金属铅等，还有砷，砷会引起以皮肤色素脱失、着色、角化及癌变为主的全身性的慢性中毒。食品级的六偏磷酸钠还有一定含量的氟化物，低浓度的氟化物会引起慢性中毒和氟骨症，使骨骼中的钙质减少，导致骨质硬化和骨质疏松，但是这些危害都是在长期接触的情况下才有可能有的。
