垫付工程款纠纷处理方法如下：
(一)、违法分包、非法转包挂靠等造成合同无效时，工程价款的处理办法;
1、如果建筑工程质量合格，可以参照合同约定的结算工程价款进行结算。
2、如果建筑工程经竣工验收不合格，分两种情况处理：
(1)可以修复的，修复后经竣工验收合格，应由承包方承担修复费用;
(2)修复后不合格的，将不支付承包人的工程价款。
3、如果发包人对建筑工程有过错，也应承担相应责任，如：提供设计不合理，提供或指定购买的材料不符合强制标准，直接指定分包人分包专业工程等。
(二)、承包人非法转包、违法分包或没有资质的实际施工人借用资质签订的合同无效。
《施工合同纠纷解释》第六条：当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，应予支持，但是约定的利息计算标准高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率的部分除外。
国务院国发办78号文件要求垫资工程必须在招投标文件中明确垫资金额、期限、利息支付等内容，否则不能要求承包方垫资。
