离子注入的具体原理是将所注入的气体离子化成为带正电荷的离子束。对离子束用磁场进行筛选后，得到所需要的注入离子，再加速撞击到注入表面，达到注入离子的目的。在这过程中，需要控制好真空度，一般需要超高真空。另外，需要控制好加速能量和注入角度，以控制注入的深浅程度。整个系统需要有精确的电流测量和计算，精密的机械运动控制。因此，离子注入系统是集机械，真空，电子测量，计算机控制，高速数据采集和通讯等一体的复杂精密控制系统。
