并不是所有的通行费电子发票都可以抵扣，发票会在左上角标识“通行费”字样，且会在税率栏次显示适用税率或征收率，这种发票又称“征税发票”，可用于抵扣。ETC后付费客户和用户卡用户，在通过政府还贷性收费公路的部分，可在官方发票服务平台取得暂由ETC客户服务机构开具的通行费电子发票。这种发票左上角无“通行费”字样，且税率栏次显示“不征税”字样，这种发票又称“不征税发票”，它只可用作记账凭证，记入成本，但不能用于抵扣。
