北京协和医学院是国内最顶尖的医科大学，与中国医学科学院院校一体，科研实力雄厚，被誉为中国医学殿堂。学校一直以来都是坚持小规模招生、高层次培养、高质量输出，所以每年的本科招生一般就在一两百人左右而已。2006年9月，与清华大学实行紧密合作办学，同时使用“北京协和医学院--清华大学医学部”作为第二名称，学校仍为独立法人单位。院校设有18个研究所、7所临床医院、6所学院、1个研究生院
本科阶段只招两个专业——临床医学专业和护理学专业。其中临床医学专业为八年制，纳入清华大学总招生计划，在填报志愿时应报清华大学临床医学专业，并可同时报清华大学其他理工类专业。顺利毕业之后，授予医学博士学位，含金量在国内医学界绝对超高
